教育要涵養兒童健全人格，啟發兒童潛能，促進身心健康，培育生活知能，使其能成為具有豐厚人性、積極進取、盡責有禮且充滿生命力的的社會人。是以牡丹國小充分活用社區的自然與人文資源，設計適合學生的在地化課程，以『在地樂活，生態永續』、『尊重感恩，人文關懷』、『深耕閱讀，接軌國際』、『展現自我，追求卓越』為設計理念，架構出『生態教育、創意學習、特色語文、達人課程』四大課程。說明如下：

1.生態教育：本課程結合自然與綜合領域，利用牡丹溪上游每年4～5月間
  豐富的黑翅螢生態，以及溪流獨特的生態；加入社區耆老口述歷史與校內教師的專業知能，為學童規畫一系列豐富的自然生態  與人文情懷之旅！

2.創意學習：本課程結合綜合活動領域，讓小朋友利用已學習過的知識和
  技能，小組合作學習，發揮想像力，鼓勵學生於實作中探索自己的常才，「善盡」自己的「責任」，並「尊重」每個人都是不  同的個體，展現自我和追求卓越。

3.特色語文：本校於周三晨光時間規畫「英語大嘴巴」學習活動，經由琅
  琅上口的經典童謠培養孩子的英語聽說能力；並進一步規劃形成「英語讀者劇場」，讓學生自有趣的劇本與歌謠中敢說會唱，  由在地進而與國際接軌，「讓牡丹的孩子看見世界」！
  本校班級共讀活動由北教大簡良平教授指導，進行識字、文本理解與推論之教學活動，規劃一系列閱讀書目，讓學生經由有系  統的學習歷程，愛上閱讀並懂得終身學習！

4.達人課程：配合「一人一技藝、一校一特色」的教育政策，本校引進社
  區及家長會資源，提供師資與財源，除歷史悠久且佳績頻傳的桌球項目外，近年增加爵士樂團，以校址取名「政光三號」，除  了提供小朋友練習的園地，也屢次在各大場合中擔綱演出，達到行銷學校的目的，也提供學生多元展能的機會。

5.本校特色發展藝文領域，尤其在103學年度起成立「牡丹弦情逸致」小提琴樂團，讓學生從小一起開始學習琴藝，期許營造「山中維也納」學校之美譽。